Le parcours standard est construit autour de l'art, ce qui est compréhensible — pour l'histoire de la papauté en particulier, la Nécropole du Vatican et un aperçu du rôle de la Chapelle Sixtine dans le conclave ajoutent une dimension que la plupart des visites n'effleurent que brièvement.

Un guide véritablement axé sur l'histoire tend à présenter les mêmes salles différemment — passant moins de temps sur la technique artistique et plus sur la politique derrière chaque commande, depuis la basilique originale de Constantin jusqu'aux papes de la Renaissance qui l'ont démolie et reconstruite.