Ce qui a commencé comme une seule sculpture dans une cour s'est développé, galerie par galerie et pape par pape, jusqu'au complexe que les visiteurs parcourent aujourd'hui.

XVIIIe siècle : devenir un musée

Les papes Clément XIV et Pie VI ont formalisé la collection sculpturale grandissante en Musée Pio-Clementino à la fin des années 1700, le premier véritable pas vers un musée public plutôt qu'une exposition papale privée.

XIXe siècle : de nouvelles collections

Le Musée Étrusque (1837) et le Musée Égyptien (1839) furent ajoutés sous le pape Grégoire XVI, élargissant considérablement la collection au-delà de l'art classique et de la Renaissance.

XXe–XXIe siècle

Une réorganisation supplémentaire, l'ajout d'art religieux moderne, et une fréquentation en constante augmentation ont fait des Musées du Vatican l'un des complexes muséaux les plus visités au monde.