La collection est née d'acquisitions et de fouilles papales du XIXe siècle, et se trouve près du début du parcours visiteur — facile à voir sans grand détour, et un véritable point fort pour les jeunes visiteurs qui pourraient sinon décrocher pendant galerie après galerie de peinture de la Renaissance.

La collection s'étend sur neuf salles, organisées grosso modo par thème plutôt que par stricte chronologie — sarcophages et objets funéraires se regroupent près de l'entrée, avec une plus petite exposition de matériel mésopotamien et assyrien plus loin, que la plupart des visiteurs dépassent sans s'arrêter.