La collezione nacque dalle acquisizioni e dagli scavi papali del XIX secolo, e si trova vicino all'inizio del percorso di visita — facile da vedere senza una grande deviazione, e un vero punto forte per i visitatori più giovani che altrimenti potrebbero perdere interesse durante galleria dopo galleria di pittura rinascimentale.

La collezione si estende su nove sale, disposte grosso modo per tema piuttosto che in stretta cronologia — sarcofagi e oggetti funerari si concentrano vicino all'ingresso, con un'esposizione più piccola di materiale mesopotamico e assiro più avanti, che la maggior parte dei visitatori attraversa senza fermarsi.