Ponieważ Bazylika jest bezpłatna do samodzielnego zwiedzania, wycieczka tylko po Muzeach ma sens, jeśli wolisz zobaczyć ją potem we własnym tempie, lub jeśli masz mało czasu, a wycieczka łączona oznaczałaby pospiech w obu.

Kaplica Sykstyńska jest wliczona tak czy inaczej — jest częścią trasy Muzeów, a nie Bazyliki — więc pominięcie części dotyczącej Bazyliki nie oznacza pominięcia głównej atrakcji wycieczki, tylko spacer do placu Świętego Piotra potem.